前言
(nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这)()()()ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。
安装到作图的代码如下:
安装方式有两种
从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")
seqs_aahead(seqs_aa)
$akt1 "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng" "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"
也可以用自己的数据集,支持两种格式,矩阵。
长度为5的motif矩阵示例,每一列代表一个位置,及碱基在该位置的出现次数。共4行,每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a 10 2 0 8 1c 1 12 1 2 3g 4 0 9 1 1t 0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)
ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()
ggseqlogo支持以下几种类型数据输入:
下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo
ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)
ggseqlogo提供函数make_col_scheme
来自定义离散或者连续配色方案csl - make_col_scheme(chars = c("a","t", "c", "g"), groups = c("gr1","gr1", "gr2","gr2"), cols = c("purple","purple","blue","blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,col_scheme=csl)
cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)
ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)
上述命令实际上等同于
ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group,ncol = 4,scales = "free_x")
通过创建矩阵可以生成每个标志的高度,还可以有负值高度
set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a","t","c", "g")))ggseqlogo(custom_mat,method="custom",seq_type="dna")+ ylab("my custom height")
可以通过font
参数来设置字体,具体可参考?list_fontsfonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1,font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))
注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。
更多数据可视化可参考在线工具:
随着潮流时尚的演变发展,奢侈品对于国人来说已经不再遥远。对于女性来说,包包更是不可或缺的。大家是否有什么心水的品牌呢?女生奢侈包包品牌排行榜前十有什么包包呢?下面一起来看看女士包包品牌大全,将奢华尽收眼底!包包品牌排行榜前十名 十、寇驰(coach) 美国coach公司,始于1941年,皮革制品轻奢侈品品牌,坚持纯手工工艺打造经典时尚,纽约现代奢华风尚手袋、服饰、鞋履等产品供应商。
适合新手的包包教程又来了,这个系列的包包教程钩法相对都比较简单,也是入门级的钩包教程,用到的基本都是最基础的针法,没什么繁琐的花样,但钩出来的包包外形还是很靓丽的,所以说,钩包最重要的还是包包的型,并不是说钩得多复杂就好看。而且有很多人就喜欢朴素大方的包包,搭配衣服也不显突兀,太花哨的有时反而不好搭配。
广州三元里皮具商圈。广州市白云区政府 供图中新网广州5月11日电 题:广州三元里皮具商圈直播优惠双管齐下拓客源作者 王坚“世界皮具看中国,中国皮具看广州,广州皮具看三元里。”广州三元里皮具商圈于1987年开始形成,现已发展成为年营业额达100亿元(人民币,下同)的大型综合皮具产业集群,拥有34家皮具箱包专业市场,逾6000户经营商铺,占地约16万平方米,被称为中国乃至全球皮具产品的贸易中心。
奢侈品到如今已流行了很多年,随着大众经济水平的提升,奢侈品对现在的人来说不再像以前那么遥不可及,无论是奢侈品包包,奢侈品手表,奢侈品钻戒,亦或是黄金珠宝数码产品等,即使价格高昂,也不乏有很多人喜欢购买。不过即使喜欢,购买后总有不喜欢了或闲置了需要处理,奢侈品类的产品回收是最好的选择,而且奢侈品二手回收即可回笼一部分资金也可清理空间,还不浪费资源。
各位小伙伴们,随着国内疫情形势向好,我们的日常生活也在逐步恢复,逛街、购物也重新回到我们身边,出门逛街戴口罩的同时,背上一款合适的包包也会令你魅力十足。今天我们一起学习制作一款复古斜挎包,让你出门更显优雅与自信准备材料:表布,里布,拉链,无纺衬,定型衬,链条包带,d型圈两个按尺寸裁剪包身表布一片,包盖一片,袢子布料一片,里布包身一片,包盖一片,内袋一片
麻将机万能维修包五件套。麻将机桌面不平、升牌条凹陷,牌在这里,挡牌绊牌、麻将牌在这里出现了卡牌情况,直接把麻将机卡停了,这就是典型的机头卡牌问题。今天来教大家省钱、搞维修。麻将机小毛病很多、故障率很高,其实只需要备上像这样的维修包、五件套就可以解决麻将机90%以上的故障。·像刚刚这种问题,麻将牌在这里,你看他挡牌绊牌,这种情况打开麻将机盖板,取出这一侧升牌条,升牌条下方,这是因为用时间久了,棱角磨平了,所以升牌条凹陷。
双拼色的设计,常常会运用在衣服或包包上,一般两种颜色会使用撞色或对比强烈的颜色,今天我们就来学习一款双拼色手提包的钩法。示范用线:5mm的空心棉,6.0mm的钩针。示范款包包底部长约23厘米,上面包口处约为40厘米。先来钩包包的其中一面,用a线起20针锁针(来回翻面钩)。第1行:先钩19针短针,然后换b线钩最后1针短针(后面每行都是钩短针);第2行:b1,a19;第3行:a18,b2;第4行:b3(第2针上钩2针短针,后面简称加针),a19(倒数第2针上加针);第5行:a18,b4;第6行:b4,a18;
“家人们,谁懂啊,两个包便宜了9000元!”刚从日本旅游回来,杭州90后朱小姐就忍不住跟小姐妹“炫耀”。受访者供图受访者供图疫情放开后的第一个暑期,近期有不少市民和朱小姐一样去了日本旅游、购物,特别是在日本买包包、珠宝等奢侈品,享受了比国内便宜很多的价格。“几乎人手都要买一个包才肯走,不买就是白白浪费了汇率羊毛。
by 老刘的厨房用料馅料: 猪前肩 700克黄酒 15克生抽 60克老抽 8克冰糖 15克海鲜酱 20克姜片 4片大葱 3段大料 1个香叶 2片肉蔻 1个白寇 2个桂皮 1块砂仁 1个食用油 20克面团: 低筋面粉 700克酵母 6克白糖 10克温水 430克小苏打 1克做法步骤1、将面团材料混合,揉成面团,发酵至两倍大(约2小时,室温20度。
我是大吴哥,将中国风引领到了一个新纪元,从历史和自然中提炼出符合市场的色彩,以赤、黄、蓝、绿、青五个色系为主要关键点进行描绘,既传承了中国历史,又符合现代化时尚需求。灵感故事1、热播剧《大宋宫词》以宋朝文化为主线,从色彩上、服装上、陈列上高度还原历史,将徽派的高雅展现得淋漓尽致;2、荣耀以“探寻遗失的中国色”为主题,推出全新系列荣耀v40,传递中国传统色的千年东方审美;3、vogue以中国红为主题作为杂志封面;4、时下最火热的电视剧《司藤》,剧中女主司藤的造型以旗袍装为主,包含了民国元素和古风特点,结合一