包包设计图怎么画（绘制序列分析图）

大吴哥 2023-09-23 06:22:04 阅读 (94)

前言

（nature重磅综述|关于rna-seq你想知道的全在这）（）()（）ggseqlogo，只要你根据此包要求的数据格式上传一堆dna序列或者氨基酸序列，再根据现成的命令流程就能画出logo图。

安装到作图的代码如下：

安装

安装方式有两种

从github中安装devtools::install.github("omarwagih/ggseqlogo")

数据加载

"ccatatatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccataaatag" "ccatatatgg" "ccatatatgg" "ccaaatatag"

seqs_aahead(seqs_aa)

 $akt1  "vvgarrsswrvvssi" "gprsrsrsrdrrrke" "llclrrsslkaygng"  "terprpntfiirclq" "lsrervfsedrarfy" "pstsrrfsppssslq"

外部数据读入

也可以用自己的数据集，支持两种格式，矩阵。

 长度为5的motif矩阵示例，每一列代表一个位置，及碱基在该位置的出现次数。共4行，每一行代表一种碱基matrix - "base 1 2 3 4 5a  10 2 0 8 1c  1 12 1 2 3g  4 0 9 1 1t  0 0 0 1 9"matrix_input - read.table(matrix, header=t, row.names=1)matrix_input - as.matrix(matrix_input)

可视化

ggplot()+geom_logo(seqs_dna$ma0001.1)+theme_logo()

ggseqlogo支持以下几种类型数据输入：

序列
矩阵

下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo

ggseqlogo(pfms_dna$ma0018.2)

方法

ggseqlogo支持氨基酸、dna和rna序列类型，默认情况下, "1234", seqs_dna$ma0001.1)ggseqlogo(seqs_numeric, method="prob", namespace=1:4)

配色

ggseqlogo提供函数make_col_scheme来自定义离散或者连续配色方案

离散配色

csl - make_col_scheme(chars = c("a"，"t", "c", "g"), groups = c("gr1"，"gr1", "gr2"，"gr2"), cols = c("purple"，"purple"，"blue"，"blue"))ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1，col_scheme=csl)

连续配色

cs2 - make_col_scheme(chars = c("a", "t", "c", "g"), values = 1:4)ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1, col_scheme=cs2)

同时绘制多个序列标志

ggseqlogo(seqs_dna, ncol = 4)

上述命令实际上等同于

ggplot()+geom_logo(seqs_dna)+theme_logo()+ facet_wrap(~seq_group，ncol = 4，scales = "free_x")

自定义高度

通过创建矩阵可以生成每个标志的高度，还可以有负值高度

set.seed(1234)custom_mat - matrix(rnorm(20), nrow = 4, dimnames = list(c("a"，"t"，"c", "g")))ggseqlogo(custom_mat，method="custom"，seq_type="dna")+ ylab("my custom height")

字体

可以通过font参数来设置字体，具体可参考?list_fonts

fonts - list_fonts(f)p_list - lapply(fonts, function(f){ ggseqlogo(seqs_dna$ma0001.1，font=f)+ggtitle(f)})do.call(gridextra::grid.arrange,c(p_list, ncol=4))

注释

注释的话跟ggseqlogo生成的图形与阅读原文跳转其博客。

更多数据可视化可参考在线工具：

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